注册资本认缴制下，公司内部治理问题主要涉及到股东权利的行使以及股东内部责任的追究问题。
        股东权利的行使问题主要涉及股东盈余分配权、增资情况下的新增资本优先认缴权以及股东表决权。由于公司法对于注册资本采取全面的认缴制，因此股东在行使上述权利时可能会产生问题。
        如公司法第四十二条规定，“股东会会议由股东按照出资比例行使表决权;但是，公司章程另有规定的除外。”
        比如甲股东认缴出资100万元，实缴出资10万元，剩余90万元采取分期缴纳的方式;而乙股东认缴出资20万元，在公司设立时已经一次性足额缴纳。
        那么甲乙两股东在股东会上究竟享有多少的表决权，不无疑问。其根源在于我们究竟应该如何理解公司法第四十二条的“按照出资比例行使表决权”，这里的出资是已经缴纳的出资(实缴出资)还是认缴出资?
        很显然，采取不同的标准必然得出不同的结论。对此，公司法没有给出明确的标准，仅以但书的形式规定“公司章程另有规定的除外”。
        对于股东的盈余分配权以及新增资本优先认缴权，公司法第三十四条明确规定“按照实缴的出资比例”分取红利，以及在公司新增资本时，“按照实缴的出资比例”认缴出资(新增资本)。同时该条以但书的形式规定“全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外”。
        对比公司法第三十四条以及第四十二条的规定，两个条款在规定股东权利行使时既存在“按照实缴的出资比例”以及“按照出资比例”定语限制的不同;也存在但书规定中“全体股东约定除外”以及“公司章程另有规定除外”前后不一致的地方。
        注册资本认缴制条件下，尤其是在股款分多期缴纳的情形下，为了防杜可能出现的分歧，在公司章程或者股东协议中约定股东权利行使的基准日并据此确定股东权利的多寡尤其重要。比如，可以约定以作出决议之前六个月作为基准日，按照该基准日各股东实际交付公司的出资作为基础，按照该出资比例行使相应的股东权利。
        关于股东内部责任的追究问题，其核心部分在于股东违约责任的追究问题。
        公司法第二十八条第二款规定，“股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已经按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。”
        司法实践中，如果公司章程没有对违约责任作出规定并且股东之间没有另行作出约定，则很难追究股东的出资违约责任，因为这种违约责任缺乏具体的标准。
        很显然，规范出资、如实按期出资本身不是股东违约责任，因为这种责任的相对方是公司而非规范出资的股东。
        其实，对比公司法第八十三条第二款的规定，股份公司发起人出资瑕疵的责任被明确规定为“应当按照发起人协议承担违约责任”，可见这种违约责任的基础是发起人协议，即股东之间的内部约定。
        公司法在有限责任公司中以法律形式规定“违约责任”本身就是一大败笔，在股东内部追责的过程中，应当本着私权自治的原则，由股东之间自行约定;而非以法律特殊规定的行使要求股东承担没有具体标准的“违约责任”。
        有限责任公司的股东如欲追究出资瑕疵股东的违约责任，应当借鉴并参考公司法第八十三条第二款的规定，在股东协议或者公司章程中作出相应的约定，否则将面临缺乏具体标准的问题。
        注册资本认缴制下公司债权人的保护问题
        公司法修订取消了最低注册资本，在原则上对公司注册资本全面采纳认缴制。由此引发并进一步加深了公众对于皮包公司大行其道的担忧。在注册资本认缴制下，公司债权人的利益如何进行保护，将是今后公司法实践中面临的新问题。这种担忧从法律体系以及法律规范本身来讲是一个伪问题。理由在于：
        其一，我国《公司法》第二十条以及第六十三条确立的公司法人人格否认制度，在股东滥用公司法人独立人格和股东有限责任的条件下，法院可以在个案中否认公司法人的独立人格，判令公司股东对公司债务承担连带责任。并且否定公司法人独立人格可以扩张适用于关联公司。如最高人民法院在四川泰来公司案以及江苏徐工集团案中均将否定公司法人人格扩张适用于关联公司人格混同的情形，判令关联公司对外承担连带责任。
        其二，消解公众对于皮包公司的担忧，还在于有效地衔接《公司法》与《企业破产法》的关系。依照《企业破产法》第七条第二款的规定，“债务人不能清偿到期债务，债权人可以向人民法院提出对债务人进行重整或者破产清算的申请。”根据该条规定，债权人申请企业破产或重整的条件相当宽松：只要债务人(公司)不能清偿到期债务，债权人即可申请对该公司进行破产或者重整。而一旦债权人提出此种申请并被法院裁定受理，根据《企业破产法》第三十五条的规定：“人民法院受理破产申请后，债务人的出资人尚未完全履行出资义务的，管理人应当要求该出资人缴纳所认缴的出资，而不受出资期限的限制。”(法院在裁定受理破产申请的同时应指定管理人)。根据上述规定，债务人公司股东(出资人)便不再享有分期缴纳出资的权利，而必须将所认缴的出资立即缴足。
        其三，对于债权人的保护还在于强化股东的清算责任。当公司经营陷入困难，出现公司解散事由时，必须依照《公司法》第一百八十三条的规定，在解散事由出现后十五日内组成清算组进行清算。公司无法自行组建清算组的，依照《公司法》第一百八十三条以及最高人民法院《公司法司法解释(二)》的规定，公司债权人或者公司股东可以申请法院进行强制清算。对于公司账册丢失或者账册混乱无法进行清算或者无法进行全面清算的，公司债权人可以诉请法院追究相关股东的个人责任。
        其四，对于股东出资期限届至，而以股东会决议或者修改公司章程的形式再行延缓缴纳出资的，应当视其为减少公司注册资本，履行公司法所规定的减资程序。并责令其按照公司法第一百七十七条的规定通知债权人、发布公告，债权人对此有权要求公司提前清偿债务或者提供担保。
        最后，从注册资本实缴制的实践分析，注册资本实缴制并不能起到防范公司以及股东的机会主义行为的作用。相反，注册资本的实缴制还催生出“代办垫资”的怪胎。借用过桥资金协助注册公司，在公司注册后又将资金抽出的行为，已经足以使得公司沦为“皮包公司”，而相对应的，在工商登记上，公司此时已然具有高额的实收资本登记。
        由此可见，实缴制并不是防范公司以及股东机会主义的良方，相应地，认缴制也不会成为纵容公司以及股东机会主义行为的祸首。应对公司注册资本认缴制的改革，需要司法实践对此作出积极的回应，敢于依法受理公司强制清算和破产案件，并且在司法实践中，根据案件的具体情况，有效地适用揭开公司面纱制度，在公司人格与股东人格混同的场合，判令股东对债权人承担连带责任。

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